Fundación Ecuatoriana Equidad busca promover la defensa y el ejercicio de los derechos humanos de las poblaciones LGBTI y las personas afectadas por el VIH, reducir los prejuicios y estereotipos en relación a la orientación sexual, la identidad de género, el estatus de salud y la movilidad humana, a través de la comunicación, la prevención, el empoderamiento, la participación ciudadana, la investigación en coordinación con el Estado, la sociedad civil, la empresa privada y la cooperación internacional.
Al 2026, Fundación Ecuatoriana Equidad será un referente nacional e internacional de las poblaciones LGBTI del Ecuador en derechos, participación ciudadana, salud integral, inclusión económica y social, incluyendo la prevención del VIH/sida e ITS, así como en la mejora de la calidad de vida de las personas afectadas por el estigma y la discriminación alrededor de la identidad de género, la orientación sexual, la movilidad humana y el VIH/sida.